يستخدم سبترين لعلاج التهابات الجهاز التنفسي مثل الالتهاب الرئوي والتهاب الشعب الهوائية وكذلك التهابات الجهاز البولي بما في ذلك التهابات المثانة أو الكلى، يستخدم أحيانا لعلاج عدوى الأمعاء الناجمة عن أنواع معينة من البكتيريا وكذلك
سبترين للوقاية أو علاج بعض العدوى الخطيرة لدى المرضى ذوي المناعة الضعيفة مثل المصابين بفيروس نقص المناعة البشرية أو المرضى الذين يخضعون للعلاج المثبط للمناعة.