يستخدم دواء فاركودوكسين للقضاء على البكتيريا الضارة وعلاج حب الشباب، الملاريا، والجمرة الخبيثة، يخفف التهابات الجلد والصديد، ويعالج التهابات اللثة وخراج الأسنان، يعالج الحمى الروماتيزمية والروماتيزم، الالتهاب الرئوي، والتهابات الجهاز التنفسي والبولية، يستخدم
فاركودوكسين لعلاج التهابات المهبل، الزهري، السيلان، الكلاميديا، والإسهال الناتج عن تناول طعام ملوث.